Как писать научные названия видов бактерий в журнальных статьях (часть 2)
Исследования могут быть достаточно сложными и без того, чтобы беспокоиться еще и о правильности использования микробной номенклатуры или научных названий бактерий. Написание названий бактерий в научной статье может быть большой проблемой для ученых, поскольку руководящие принципы постоянно изменяются, отражая новые открытия. Кроме того, запутанными могут быть и латинские названия. В первой статье в этой серии мы обсудили эффективные советы по написанию научной номенклатуры растительного и животного мира. Эта статья предоставляет рассмотрение самых больших проблем, с которыми сталкиваются исследователи при использовании микробной номенклатуры, и несколько советов, которые помогут вам не сбиться с пути.
Как называются бактерии?
Международный комитет по систематике прокариот (ICSP) разработал руководящие принципы, которые объясняют правильную номенклатуру или систему именования бактерий. Эта система известна как Бактериологический кодекс. У бактерии есть двойное название, состоящее из двух частей: название рода, которое указывает, к какому роду она принадлежит, и видовой эпитет.
При упоминании бактерии в статье автор должен подчеркнуть название в тексте или выделить его курсивом. После написания полного названия микроорганизма в первом упоминании, название рода можно сократить до заглавной буквы.
- Например, Moraxella bovis можно написать как М.bovis .
ICSP рекомендует в реферате вашей публикации снова изложить полное название любой бактерии.
При обсуждении безымянных видов используется аббревиатура «sp.» для обозначения одного безымянного вида, в то время как написание «spp.» после рода относится к более, чем одному безымянному виду.
- Например, Moraxella будет использоваться для обсуждения одного безымянного вида Moraxella.
Бактерии часто разделяются на подвиды, которые указываются при помощи таких систематических категорий, как биовар, хемоформ, хемовар, культивар, морфовар, патовар, серовар и состояние.
Эти категории следует писать в виде простого текста, перед дополнительным именем, выделенном курсивом или подчеркнутом. Например, «Rhizobium leguminosarum biovar viciae» правильно писать как Rhizobium leguminosarum биовар viciae.
Общие проблемы при использовании микробной номенклатуры
Тем не менее, есть некоторые общие проблемы, с которыми сталкиваются исследователи при использовании микробной номенклатуры. Во-первых, как вы уже догадались, различные виды бактерий, если их названия сокращены, могут выглядеть одинаково.
М. bovis может указывать на Moraxella bovis, Mycoplasma bovis, или же на Mycobacterium bovis.
В этом случае автору следует просто позаботиться о том, чтобы либо не использовать аббревиатуры, которые можно перепутать, либо обязательно четко указать, какая бактерия обсуждается.
Другие проблемы, с которыми сталкиваются исследователи в отношении микробной номенклатуры, являются более сложными. Хотя Бактериологический Кодекс часто интерпретируется как «официальный» список действительных названий для бактерий, Кодекс содержит только рекомендации по вопросу, как должны называться бактерии. Это допускает разногласия, а также открытия и эволюцию в научных исследованиях. Например, одна группа исследователей может отнести бактерию к роду A. Аналогичным образом, другая группа исследователей может провести другое исследование и прийти к выводу, что та же бактерия относится к роду B. Продолжая наш предыдущий пример видов bovis, одна и та же бактерия может быть названа А bovis в одной статье и B bovis в другой.
Как узнать, действительна ли микробная номенклатура, которой я пользуюсь?
Многие исследователи ошибочно полагают, что самое последнее опубликованное название – это «правильное» название. На самом деле, как мы видели выше, это не так. Название должно быть опубликовано в статье в Международном журнале систематической и эволюционной микробиологии (International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology). Оно также может быть опубликовано в другом месте, если название объявлено в Ратификационных списках (Validation lists). Иными словами, микробная номенклатура – это вопрос научного суждения и консенсуса.
Например, название Helicobacter pylori было немедленно принято научным сообществом в качестве замены Campylobacter pylori, тогда как название Tatlockia micdadei не было принято повсеместно в качестве замены Legionella micdadei.
Наконец, ICSP не дает конкретных рекомендаций о том, как указывать таксоны после подвида, такие, как обозначение штамма. Обозначение штамма должно следовать за родом и видом и обычно представляет собой комбинацию цифр и букв.
Например, вы можете написать Helicobacter pylori K164: K7, при этом K164: K7 указывает конкретный штамм бактерий, используемых в вашей работе.
Если вы сомневаетесь в правильности использования микробной номенклатуры в своей статье, вашей первой остановкой должен быть Международный кодекс номенклатуры бактерий (редакция 1990 г.). Будьте в курсе соответствующих публикаций в вашей области и будьте в курсе любых разногласий или новых открытий, касающихся классификации бактерий. Наконец, помните, что действительные имена являются предметом научного суждения и консенсуса.
Была ли эта статья полезна? С какими еще проблемами вы столкнулись при использовании микробной номенклатуры в своих научных работах? Сообщите нам об этом в комментариях!
